neighbor
Roy Kid
# neighbor
设定与临近表有关的参数
# 语法
neighbor skin style
skin : 超出阶段半径的额外壳层
style = bin or nsq or multi
1
2
3
2
3
# 实例
neighbor 0.3 bin 0.3倍的截止半径Rc距离
neighbor 2.0 nsq
1
2
3
2
3
# 介绍
skin distance 决定着原子迁入到另一个核去计算的频率，如果neigh_modify中check被yes的话。这样在list被重建的时候原子就会被划分到新处理器中去。
style 的选取决定了建立表的算法。
bin 计算量随着 原子总数/处理器核数 线性变化;
nsq 计算量随着 （原子总数/处理器核数）^2 线性变化，但是在特定情况下会比bin要快。
不懂选默认...
multi 则是一个为了适应具有变化很大的cutoff的体系，会对每种原子建立不同的list。这样子的话就不会出现无谓的计算，能大幅改善截断半径大小相差巨大的体系的计算速度。
neighbor list 的更新情况及其他的参数，需要在neigh_modify里设置。